Die beiden ersten Jahrgänge der Zeitschrift „Sekretär“ (2000 und 2001) erschienen unter dem Titel „Beiträge zur Geschichte der Herpetologie und Terrarienkunde“ mit einem Heft (Format 14,5 x 21 cm, Umfang ca. 60 Seiten) pro Jahr. Die Einbände wurden mit Faksimiles historischer terrarienkundlicher Abbildungen und Buchseiten gestaltet und sehen so aus:

 
 Band I der „Beiträge zur Geschichte          Band II der „Beiträge zur Geschichte
 der Herpetologie und Terrarienkunde
“       der Herpetologie und Terrarienkunde

Mit Jahrgang drei (2003) wurde der neue, aktuelle Name – „Sekretärs“ – eingeführt, der bisherige Titel steht jetzt als Untertitel. Der Einband zeigt nunmehr ein gleichbleibendes Erscheinungsbild und auf dem vorderen Umschlag (mit jahrgangsweise wechselnder Farbe) prangt unser neues Logo:

Dieses Logo zeigt einen afrikanischen Greifvogel, dessen Name auf unsere Zeitschrift anspielt: es handelt sich um einen Sekretär, Saggitarius serpentarius. Dieser hält eine Schlange im Schnabel, auf zwei Büchern stehend. Im Vordergrund spreizt sich eine Kragenechse und eine Landschildkröte lugt hinter den zwei Büchern hervor.

Geschaffen hat dieses neue Logo ein erfahrener Illustrator für naturwissenschaftliche Publikationen und Grafiker, der renommierte Leipziger Künstler und Vivarianer Wolfgang Leuck, Leipzig (Jahrgang 1932) nach einer Idee von Professor Fritz Jürgen Obst.

Veränderungen betreffen auch Turnus und Format: Anstatt einem Heft pro Jahr erscheinen nunmehr zwei Hefte à 34 Seiten mit Redaktionsschluss am 31.03. und am 30.09. eines jeden Jahres. Das Format vergrößerte sich auf 16 cm x 24 cm. 

Mit Heft 5(2), 2005 erschien erstmals ein Doppelheft. Diese Entwicklung hält an, denn auch Heft 6(1) erschien mit fast doppeltem Umfang ...